运营成本增加，船企选择不一低硫油成本和燃油质量正引起船东焦虑。按照IMO要求，相关航运公司将使用合规燃油，势必带来运营成本增加和船舶日常维护管理等诸多考验。
国内散货船“从目前的价格水平来看，高硫燃料每吨比低硫燃料便宜197至236美元，若购买低硫燃油意味着船东及船公司将比去年同期多支付14%-18%的燃料费，增加了运营成本。”某船舶资深轮机长林合龙说。
有业内人士表示，由于实行严格的硫限制政策，短期内仍有低硫油供应不足的风险。因此，含硫量低于0.5%的“调和油”将成为主要的合规燃油供应来源。
尽管在硫含量方面满足要求，调和油在闪点、稳定性和兼容性等其他方面难以保证达标，存在安全隐患。新型调和燃油未在市场广泛使用，因此也无法准确判断相关特性和参数。
中国环境科学研究院机动车排污监控中心政策标准研究部项目主管马冬表示，船用油质量相对不够乐观。船用油市场化充分，小企业、小作坊都可以进入，船供油行业门槛低、质量不能保证。
除增加船舶能耗排放外，还对船舶航行安全及船员健康有重要影响。大多数船运公司还担心转换为合规燃料后对机械和设备的影响。。“目前所谓的合规油大多为调和油，这样的混合油以前船舶很少使用。
因此对机器设备产生的影响还不清楚，不安全因素增多”，林合龙说，“相关机器设备厂家已提前向相关船公司发送了许多指导通函，若使用合规燃油，对燃油的管理也提出了更高的管理要求。”
除了增加成本和对油质的担忧外，船舶机械设备的维护还将面临许多挑战。一些船舶需要制定相应的船舶实施计划，对正在使用的高硫燃油油舱进行提前清洗，以除去原先含硫量较高的油泥。
现在大都是向油舱中添加一定数量的化学药剂进行清洗以达到预期效果。船东因此需购买一定数量的化学处理药剂。或是在合适港口安排专业清洁油舱的人员专门清理油舱，这都要支付相应的费用。
有部分航运公司不使用低硫油，仍然使用高硫油，为了满足IMO 的要求，加装脱硫塔设备，这也增加了额外成本。 林合龙补充说。
