杂货船运输费用按班轮公司规定的费率计算。当前，各国散杂船船运公司编制的运价表，虽然格式不同，但基本内容却较为相近。杂货船船运企业的价格单，一般根据货物的种类和性质，以及装载、保管的难度来划分成几个等级。同一条航线上，由于货品等级不同，船商收取的基本费率也不同。所以，商品的等级和运输费用有很大的关系。
运价标准不一，如杂货船重货一般按重量吨计收，轻抛货物按尺码吨级计收，有的则按FOB货值的一定百分比计收，有些杂货船货物是以混合方式进行的，例如，首先按重量吨或尺码吨计，然后加上一些从价运费，具体情况如下：
一、重量吨，即重量吨，在表内标明“W”，单位是每公吨或每长吨。
二、按体积计，称尺码吨，在表内列出“M”，通常以1立方米或40立方英尺为一尺码吨作为计算单位。
三、按体积或重量，由船方选定计算，表上列“W/M”。
四、根据货物在FOB中所列的一定百分比计算的货物，称为从价运费，表内用AdVal或AVV。
按杂货船运费计费，是一项比较复杂的工作，不但要熟悉运价表的基本内容，还要仔细地计算运费，除了根据航线和货品等级，先按基本费率算出基本运费，然后再查清各种额外费用项目，并一一列出所需费用。
由于杂货船货物或其他原因，可能会收取附加费，并随时掌握变动情况。附加费用大致如下：
一、杂货船货物特性不同而增加的附加费用，如超重附加费，超长附加费，洗舱费等。
二、因港口不同而增加的附加费用，如港口附加费、港人费、选港费、直航附加费等。
三、因其他原因临时增加的费用，如燃油附加费、贬值附加费等。
